Havforskningsinstituttet, Nordnesgaten 50, opprettet 1947, underlagt Fiskeridirektoratet til 1989. Med nærmere 700 ansatte er Havforskningsinstituttet det største forskningsmiljøet i Norge. Hovedoppgaven er å gi råd om akvakultur og økosystemene i Barentshavet, Norskehavet, Nordsjøen og den norske kystsonen. Rundt halvparten av virksomheten er derfor finansiert av Fiskeri- og kystdepartementet.

Utenom hovedkontoret i Bergen foregår viktige deler av aktivitetene ved avdelingen i Tromsø, på forskningsstasjonene i Matre, Austevoll og Flødevigen og på instituttets fire forskningsfartøyer som til sammen er på havet over 1600 døgn. I tillegg leier instituttet kommersielle fartøy med nærmere 1000 toktdøgn i året. Instituttet eier forskningsfartøyene: «G. O. Sars» (4067 brt., sjøsatt 2003)), «Johan Hjort» (1800 brt., byggeår 1990), «Håkon Mosby» (brt., byggeår 1980) og «G. M. Dannevig» (171 brt., sjøsatt 1979). «G. O. Sars» eies sammen med Universitetet i Bergen. I tillegg har instituttet ansvaret for driften av det NORAD-eide fartøyet «Dr. Fridtjof Nansen» som opererer langs vestkysten av Afrika, og «Hans Brattstrøm» som eies av Universitetet i Bergen. Instituttet er medeier i fartøyet «Jan Mayen», som er stasjonert i Tromsø, og leier dessuten «Fangst» og ulike andre fartøyer for spesielle oppdrag. Havforskningsfartøyene har avansert manøvrerings- og navigasjonsutstyr og vitenskapelig utstyr som ekkolodd, sonar, tråløye m.m., dessuten utstyr for innsamling av plankton, sjøvanns- og temperaturprøver, laboratorier, datautstyr o.l.

Instituttet har nær kontakt med Norges Fiskerihøyskole og universitetene, og gir særopplæring til studenter og forskere fra andre land gjennom FAO og NORAD. Instituttet har også en stor bistandsrettet aktivitet gjennom Fiskerifaglig senter for utviklingssamarbeid. Forskning og råd fra Havforskningsinstituttet skal være med å legge grunnlaget for at samfunnet også i fremtiden skal kunne høste av de store verdiene i havet og på kysten.

Flødevigen forskningsstasjon, Nye Flødevigveien 20, ble opprettet 1882 og er en av Europas eldste institusjoner innen havforskning. Fra 1. januar 2002 ble stasjonen etablert som Havforskningsinstituttets senter for forskning og rådgivning i kystsonen.

1947–49 hadde Havforskningsinstituttet lokaler i Vestre Torggate 22, deretter i Fosswinckels gate 6/8, til det i 1960 flyttet sammen med Akvariet på Nordnespynten.