Siden juni 2000 styres Bergen etter en parlamentarisk modell der et byråd opptrer som regjering med byrådslederen i rollen som «statsminister», mens bystyret fungerer på samme måte som Stortinget og er kommunens øverste organ. Den nye ordningen innebærer at hovedansvaret for den praktiske politikken hviler på byrådslederen, mens ordføreren – foruten å lede bystyremøtene og bekle kommunale styreverv – fortrinnsvis tar seg av representasjonsoppgavene. Herman Friele (H), ordfører 2003–07, tok til orde for at tittelen skulle være borgermester og ikke ordfører, men vant ikke gehør for dette ønsket.

Ordføreren er også kommunens rettslige representant. Han har tale- og møterett i alle kommunale organ, bortsett fra byrådet og de organer som ligger under dette, og er bystyrets formelle forbindelsesledd til byrådet. Byrådslederen og ordføreren sammen med den øvrige kommunale forvaltningen har kontorer i Rådhuset, Rådhusgaten 10. (Se ordfører).

Bystyret ble foran valget 1999 redusert fra 85 til 67 folkevalgte representanter. De velges for fire år om gangen, og møtes en gang i måneden, eller oftere dersom ordføreren finner det påkrevd. Bystyret vedtar budsjettet, og bestemmer kort sagt hvordan byrådet skal lede kommunen. Det fatter vedtak om omfang og organisering av kommunens virksomhet, vedtar overordnede mål, prinsipper og rammer for kommunens utvikling. Bystyret har også det øverste tilsynet med den kommunale forvaltning. En stor del av arbeidet foregår i en rekke bystyrekomiteer

Byrådet i Bergen hadde opprinnelig syv medlemmer, fra 2002 redusert til fem, men ble etter kommunevalget 2007 igjen utvidet til syv, for så i april 2009 nok en gang midlertidig bli redusert til fem. Det skjedde da Fremskrittspartiets to byråder overraskende trakk seg fra samarbeidet. Begrunnelsen var at de, bundet av landsmøtevedtak og fare for eksklusjon, ikke kunne stemme for ytterligere bompengefinansiering av Bergensprogrammet, inkludert Bybanen og Vestre Ringvei. Funksjonene opprettholdes uforandret ved fordeling av ansvaret på de gjenværende fem byråder fra Høyre og Kristelig Folkeparti. Inntil neste kommunevalg har disse måttet påta seg økte arbeidsbyrder.

Byregjeringen ledes av byrådslederen. Den første som innehadde ledervervet, var Anne-Grete Strøm-Erichsen (Ap). De øvrige byrådene har den overordnede politiske ledelsen av hver sin byrådsavdeling. Bergen fikk fra 2007 ni nye politikere i heldagsstillinger, idet det ble oppnevnt en ny rådgiver for ordføreren og tre nye rådgivere for byrådet i tillegg til at to nestlederstillinger i byrådet ble omgjort til heldagsstillinger. Byrådsavdelingene kan sammenlignes med de statlige departementene og kalles gjerne «sentraladminisrasjonen». De skal være støtteapparat for den politiske ledelsen og sørge for at byrådets politikk blir iverksatt. De har også ansvar for underliggende seksjoner, etater/fagavdelinger, resultatenheter og virksomheter som kommunen eier. Ofte deles avdelingene inn i mindre enheter, kalt seksjoner eller kontor. Hver av byrådsavdelingene ledes av en kommunaldirektør, og kommunen har følgende syv byrådsavdelinger etter valget 2007:

• Byrådsleders avdeling – har som oppgave å administrere byrådet og sikre overordnet styring på tvers av byrådsavdelingene. Til avdelingen hører Seksjon informasjon, Kommuneadvokaten og Etat for samfunnssikkerhet og beredskap
• Byrådsavdeling for kultur, idrett og næring
• Byrådsavdeling for finans, omstilling og konkurranse. Under denne avdelingen sorterer kommunale foretak og Bergen og omland havnevesen
• Byrådsavdeling for helse og omsorg
• Byrådsavdeling for byggesaker og bydeler
• Byrådsavdeling for skole og barnehage
• Byrådsavdeling for klima, miljø og byutvikling

Byrådet, som er et politisk organ, leder kommunens administrasjon og har på den måten overtatt oppgavene som tidligere lå under rådmannen. Rådmannen var administrativt ansatt. Byrådet har beslutningsmyndighet innenfor store deler av kommunens virksomhet – som økonomi, personal- og fagfullmakter.

Etter den nye ordningen velges det utøvende organ, byrådet, ved flertallsvalg i bystyret. Det er mulig å stemme blankt, slik at det også kan velges mindretallsbyråd. I formannskapsmodellen var formannskapet sammensatt proporsjonalt etter partienes representasjon i bystyret. Et byrådsmedlem eller byrådet som kollegium plikter å gå av dersom et flertall av bystyrets medlemmer krever dette gjennom et mistillitsvotum. Byrådet kan også gå av etter eget ønske, for eksempel etter et kabinettspørsmål. I så fall velger bystyret nytt byråd. Tidligere ble formannskapet valgt for hele valgperioden og kunne ikke avsettes av bystyret.

Etater / fagavdelinger

Under byrådet sorterer etater og fagavdelinger som kan sammenlignes med de statlige direktoratene. De skal gi faglige vurderinger og sørge for at den daglige driften innen sitt spesialområde. Byråden kan instruere etatene gjennom sin byrådsavdeling, men er ikke direkte ansvarlig for etatene overfor bystyret. Virksomheter som er tjenesteytende, omfatter hele byen eller har et særskilt fagansvar, organiseres ofte som etater eller fagavdelinger. Eksempler er Bergen brannvesen, Grønn etat, Byantikvaren, Bergen legevakt, Vann og avløpsetaten og Samferdselsetaten. Under denne etaten sorterer bl.a. ansvar for renhold av alle kommunale veier i Bergen kommune og offentlige veier i sentrum, sikring av myke trafikkanter og bygging av Bybanen.

Bergen kommune har også to organ, begge underlagt bystyret, som kontrollerer og fører tilsyn med at alt går riktig for seg i forvaltningen: kontrollutvalget og byombudet. Hovedoppgaven til byombudet er å se til at det ikke blir gjort feil eller urett mot den enkelte borger. En stor del av arbeidet går ut på å gi råd, informasjon og veiledning til publikum.

Bystyremøtene er åpne for publikum, slik det også var tidligere, men kan besluttes stengt under behandling av visse saker. Bare saker nevnt i innkallingen kan bli tatt opp. Minst halvparten av bystyrets medlemmer må være til stede for at møtet skal være beslutningsdyktig. Gyldig vedtak krever som regel to tredel flertall. Medlemmene har stemmeplikt, bare ved valg kan det stemmes blankt. Alle saksdokumenter er offentlige og tilgjengelig på kommunens hjemmeside (www.bergen.kommune.no) senest 10 dager før møtet.Interpellasjoner må meldes skriftlig senest 7 dager på forhånd. Skriftlige spørsmål krever 7 dagers frist og kan ikke debatteres. Muntlige spørsmål må meldes til ordføreren senest ved møtets start. Deputasjoner må meldes senest dagen før møtet. Ønsker bystyret å få saken forelagt, blir utsendingene mottatt utenfor møtesalen av en gruppe som fortrinnsvis er satt sammen av representanter for alle partier. Gruppens leder rapporterer innholdet av henvendelsen til det øvrige bystyret.

Bydeler

Bergen kommune er politisk inndelt i de åtte bydelene Arna, Bergenhus, Fana, Fyllingsdalen, Laksevåg, Ytrebygda, Årstad og Åsane. Med sikte på å styrke lokaldemokratiet ble det fra 2008 vedtatt å reetablere en ordning med bydelsstyrer i disse bydelene, hvert styre med 9–11 medlemmer. Ordningen erstattet de tidligere bydelsutvalg. Bydelsstyrene har politisk beslutningsmyndighet på visse områder foruten uttale- og innstillingsrett overfor bystyret og bystyrekomiteene på bestemte saksområder.

Det kommunale selvstyre ble innført ved de såkalte formannskapslovene av 1837. Gjennom byprivilegiene i 1528 var det systematisert ordning for styre og stell. 24 rådmenn behandlet hovedsakelig rettssaker, men ble også hørt om visse økonomiske forhold. 1536 fikk Bergen borgermester som administrativ leder, noen år senere to, og byrådet hadde innflytelse over utnevnelsene. 1660 ble eneveldet innført som statlig styreform, og da hadde Bergen to borgermestre og åtte rådmenn valgt på tradisjonelt vis. Da ny rådmann ble utnevnt 1662, skjedde det gjennom kongelig vedtak, som i to tilfeller året etter. 1665 kom det detaljerte forskrifter for borgerrepresentasjonens sammensetning i norske kjøpsteder. Fra 1666 skulle det være én president, to borgermestre og seks rådmenn (fra 1685 fire), og kollegiet ble heretter kalt magistrat. 1679 ble det dannet en borgerrepresentasjon av 16 eligerte menn, som gradvis fikk større innflytelse på byens forhold, særlig når det gjaldt skattleggingen.

Formannskapslovene som ble gjort gjeldende 1837, førte til valg av formannskap (11 medlemmer) og representantskap (33 medlemmer). Formannskapet tok de viktigste avgjørelser, og representantskapet fikk ikke det samlede kommunale budsjett til behandling før 1864. Først 1879 ble det ved lov gjort gjeldende at representantskapet og ikke formannskapet skulle velge ordfører og varaordfører. Representantskap og formannskap ble valgt atskilt til 1898. Valgloven av 1896 førte til at formannskapet måtte velges blant bystyrets medlemmer. Dessuten ble det innført forholdstallsvalg ved siden av at den kommunale stemmeretten ble utvidet. Særutvalg ble oppnevnt for å lette saksgangen, således finanskomiteen og eiendomskomiteen i 1899.

Magistratembetene var i loven av 1837 utilstrekkelig definert, og magistratordningen ble opphevd 1922. Fra 1924 var det tre borgermestre og to rådmenn. Fra 1938 fikk de alle rådmannsstillinger. Etter kommunesammenslutningen 1972 ble antall rådmenn redusert til én stilling. En omorganisering i 1984 førte til opprettelsen av Kommunalutvalget og hovedutvalgene. Disse organene opphørte 2000 ved innføring av byparlamentarisme.

Bystyrets mandatfordeling 1971–2011