Bergen fengsel, tidligere Bergen landsfengsel, Steinestøvegen 401, ble tatt i bruk 8. november 1990 og erstattet da det gamle Bergen kretsfengsel. Anlegget, som er tegnet av arkitektene Anna og Jostein Molden, dekker et areal på ca. 300 dekar på Hylkje i Åsane, og er oppført som et grendetun med grupper av mindre bygninger omgitt av en 7 meter høy mur. Hver boenhet har 6 celler, hver på 7 m² med egen dusj og WC, og driften er basert på egeninnsats fra de innsatte når det gjelder renhold og til dels også matlaging. Bergen fengsel var det første norske fengsel med en slik arkitektonisk utforming. Fengselet omfatter også en åpen avdeling utenfor muren, og har egen kirke med plass til 40, skole- og verkstedbygninger, gymnastikksal på 400 m² samt en idrettsbane på 60 × 100 m. Fra 1990 har fengselet også hatt en åpen avdeling på Ulvsnesøy i Osterøy kommune; se Ulfsnesøens skolehjem.

Siden åpningen har fengselet blitt utvidet med to nye avdelinger og har etter det en total kapasitet på 279 innsatte i 6 avdelinger i alle sikkerhetskategorier, medregnet 62 åpne plasser. Ketil S. Evjen har vært fengselsdirektør siden 2000.

To nye, men midlertidige fengsler, Bjørgvin fengsel og Lyderhorn overgangsbolig, ble offisielt åpnet i Bergen av justisminister Knut Storberget 13. februar 2007. Begge disse fengslene har lavere sikkerhetsnivå og ble opprettet med sikte på å få bort varetekts- og soningskøene i Kriminalomsorgen region vest. Bjørgvin fengsel ligger i Olav Bjordalsvei 63 på Breistein i Åsane og disponerer 90 soningsplasser i noen av lokalene som tilhørte Vestlandsheimen, tidligere institusjon for psykisk utviklingshemmede. Fengselet ble tatt i bruk fra oktober 2006. Lyderhorn overgangsbolig ligger i Gravdalsveien 240, Laksevåg og har plass til 16 innsatte med soningstilbud tilpasset både kvinner og menn.