Jonsklosteret, middelalderkloster i Bergen, grunnlagt før 1180 som augustinerkloster. Tomtegravninger 1895–96 avdekket rester av klosterkirken (Jonskirken), og viste at den hadde ligget ved nåværende Fortunen mellom Strandgaten og Tårnplass. Klosterbygningene lå sannsynligvis sør for kirken, dvs. på Tårnplass. I sagaene er nevnt Jonskirkegården, Jonsbryggen, antagelig ved Vågen rett nedenfor (Strandkaien), og Jonsvollene (Engen). Det regnes ellers ikke med at Jonsklosteret var rikt på jordegods utenfor byområdet. Det var i store økonomiske vanskeligheter på 1300-tallet, og lå trolig mer eller mindre øde omkring år 1400; 1450 ble det lagt inn under erkediakonatet. Men Jonskirken fungerte fortsatt og ble tilgodesett med testamentariske gaver så sent som 1517.

Se også oversikt over Bergens middelalderkirker.