Manufakturhuset ble gjennreist etter 1702 brannen, og senere ombygd av Johan Joachim Reichborn i 1768. Reichborns tegning fra 1765. Arkivet etter De eligerte menn. Bergen Byarkiv.

Manufakturhuset, Peter Motzfeldts gate 2, opprettet 1646 som et «barnehus» hvor jenter og gutter i alderen 12–17/18 år kunne få oppdragelse og lære et håndverk. «Lettferdige Quindfolk» skulle også kunne dømmes til opphold der, men de skulle bo atskilt fra barna. Jacob von Wida ble forstander for institusjonen i 1684, og i hans tid fikk den gradvis mer preg av arbeidsanstalt for voksne; han skaffet bl.a. kontrakter for leveranser av klær til hæren. På midten av 1700-tallet ble det startet spinning av lin- og strielerret, tobakksspinning og spikerproduksjon. Fra 1744 ble Manufakturhuset offisiell tvangsarbeidsanstalt for voksne, fra 1789 dessuten tukthus for tyver (særlig kvinner), og fra 1778 fikk mestere i Manufakturhuset rett til å «anta» barn og lære dem opp til svenner; samtidig fikk 40 barn fra fattigskolene undervisning i kristendom og håndarbeid. Denne ordningen vedvarte til den ble opphevet ved den nye håndverksloven av 1839. Fra 1843 var Manufakturhuset utelukkende straffanstalt for så vel mannlige som kvinnelige forbrytere fra Bergens stift og Stavanger amt. Tukthuset ble nedlagt 1886, og fangene overført til tukthusene i Trondheim (menn) og Kristiania (kvinner).

Manufakturhuset, Peter Motzfeldts gate 2. Fotograf: Ukjent Arkivet etter Morgenavisen A/S, Bergen Byarkiv.

Den opprinnelige bygningen, som lå ved østbredden av Lille Lungegårdsvann like nord for Bispenaustet, ble finansiert hovedsakelig ved innsamlede midler; det var like ved dette huset at bybrannen 1702 oppstod. Huset ble gjenreist etter brannen, og senere ombygd av J. J. Reichborn (1768). På 1800-tallet ble det oppført flere tilbygg, bl.a. en cellebygning for urolige innsatte (1875). Bergen kommune overtok Manufakturhuset ved makeskifte med staten 1892, og brukte det som lokaler for Lungegården skole frem til 1936. Etter krigen rommet Manufakturhuset kontorer for ulike kommunale etater. Bygningen ble rehabilitert 1990 under ledelse av arkitekt Kjell Irgens, og har fått broforbindelse med annen etasje i det nye rådhuset. Eksteriøret er tilbakeført til utseendet det fikk ved ombygningen 1768, mens interiørene ikke er forsøkt tilbakeført, med unntak for det tidligere kirkerommet. Manufakturhusets kirke ble innredet i første etasje i bygningens nordfløy og innviet 23. juli 1744, etter at institusjonen var blitt omdannet til tvangsarbeidsanstalt. Hospitalspresten i St. Jørgen gjorde tjeneste som prest også her, og i tillegg til de innsatte og betjeningen i Manufakturhuset ble kirken også søkt av mange av «den bergenske almue». Da Lungegården skole flyttet inn i Manufakturhuset 1892, ble kirkerommet tatt i bruk som gymnastikksal. I forbindelse med rehabiliteringen av bygningen 1990 ble det gamle interiøret i kirkerommet forsøkt gjenskapt. Salen kalles nå Teatersalen, og brukes til møter.