Nøstebukten, lomme av Puddefjorden mellom Sydnes og Nordnes, var på 1600-tallet havn for byens fiskefartøyer. Omkring 1700 var det bygd naust og pakkhus og anlagt mindre kaier og hoper (Sukkerhusbryggen). Så sent som 1850 var området ikke regnet med til Bergen havnedistrikt, men i 1880-årene ble de gamle trebryggene erstattet av tidsmessige steinkaier. Til da ankret større fartøyer opp i bukten, der de lå på svai. Nøstekaiene hadde anløp av større fartøyer til Skoltegrunnskaien ble tatt i bruk 1917, og var terminal for Laksevågfergene til de ble nedlagt 1960, og for Askøyfergene til broen ble åpnet 1992. Fra da av ble det opprettet en hurtigbåtforbindelse Bergen–Kleppestø (Beinveien). Skipstrafikken var ellers avtakende fra 1960-årene, da en del handelsfirmaer – som før hadde vært avhengig av sjøtransport – førte opp sine nybygg lenger øst i byen.