Zoologisk museum, Muséplass 3, en del av De naturhistoriske samlinger, opprinnelig en avdeling i Bergens Museums samlinger, overtatt av Universitetet i Bergen 1948 og lagt under Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet. Til samlingen hører bl.a. hvalskjeletter montert i lokalenes himlinger; ett av dem ble funnet ved utgravninger på Assistentkirkegården. Til dette området av bygningen hører det såkalte «museet i museet», der det ikke er gjort endringer siden åpningen 1866.