Apostelkirken, navn på tre middelalderkirker på Holmen, sørøst for Håkonshallen. Den første Apostelkirken var en trekirke (trolig stavkirke) som ble reist av kong Øystein omkring 1110–20, ved siden av Øysteinshallen, som i sin tid var landets største trebygning. Denne kirken viste tegn på forfall allerede i 1180, og 2. juli 1247 ble en ny steinkirke vigslet under samme navn. Dette var det første av de mer tidsmessige byggverkene i stein på Holmen. Det er ikke direkte stadfestet at den senere brant, men i 1275 begynte Magnus Lagabøte oppføringen av en ny Apostelkirke; den ble fullført av sønnene Eirik Magnusson og Håkon 5 (innviet 1302, fullført etter 1312), som gjorde den til kongelig kapell og hovedkirke i sin kapellorganisasjon. Denne kirkebygningen er blitt kalt «kanskje det prektigste gotiske byggverk i Bergen», men den ble skadet både ved brannene 1413 og 1476, trolig også under vitaliebrødrenes overfall i 1429. Frederik 1 påla høvedsmann Eske Bille å rive Apostelkirken 1529, og rekvirerte steinen til Gottorp slott, som han var i ferd med å reise. Dit kom den ikke, men Bille nyttet den til sin herregård Månstorp i Skåne. Til den kongelige kapellinstitusjon ved Apostelkirken var det knyttet studieopplegg for å utdanne tjenestemenn etter særlig franske og engelske mønster. I førstningen av 1300-tallet var det ved kirken en prost og 12 korbrødre.

Se også oversikt over Bergens middelalderkirker.