Bergens Menighetsstyre, organ opprettet 1905 for å administrere byens kirker, opphevet 1971. Menighetsstyret var sammensatt av byens sogneprester, et medlem av magistraten (til 1922, senere en kommunefunksjonær) og tre representanter fra hvert sogn, valgt for tre år. Driftsutgiftene ble dekket av en kirkeskatt, som etter bystyrevedtak av 1912 ikke måtte overstige 0,02 % av formuen og 0,5 % av inntekten til de enkelte menighetslemmer.

Ordningen med menighetsstyre opprettholdt den praksis som stiftsdireksjonen hadde gjort gjeldende 1826, at stemmeberettigede medlemmer av hver menighet («Husfædrene») skulle velge representanter som sammen med kirkeinspeksjonen dannet en «kommisjon». Denne avgav innstillinger om sin kirkes økonomiske forhold til stiftsdireksjonen, som avgjorde hvor store bevilgninger den enkelte menighet skulle få til dekning av kirkebygningenes vedlikehold, lønninger og andre utlegg. Menighetene valgte sine ligningskommisjoner som påla kirkeskatt. Da stiftskommisjonen var en statsmyndighet, stod dette i strid med grunntanken i ideen om det kommunale selvstyre og dermed med tanken om selvbeskatning. Enda det var imot menighetenes ønske, vedtok bystyret i 1900 å overta styringen, men bøyde seg for et forslag av sogneprest Christen Brun, som gikk ut på at kirkene skulle være menighetenes felleseie, administrert av et menighetsstyre.