Bergen domkirke menighet, Bergens domprosti, skriver seg fra reformasjonen. Domkirken, eller Olavskirken, ble antagelig menighetskirke på 1100-tallet, men senere innlemmet i Fransiskanerklosteret. Kristkirken, som var domkirke til 1537, hadde ingen lokal sognemenighet. Etter reformasjonen var Nordnes-området inkludert i Domkirkens sogn, dessuten Laksevåg, Loddefjord, samt store deler av Årstad og Askøy. 1648 ble strekningen fra Muralmenningen til Nordnespynten lagt under Nykirken, den første tiden som sogn i Domkirken prestegjeld. Askøy ble utskilt 1749. Fra 1789 tilhørte Lungegården, Kalfaret, Nubben, Nygård og Møhlenpris Domkirkens og Korskirkens landsogn, mens Årstad lå under Hospitalkirken. Domkirkens menighet hadde økt kraftig i folketall ved midten av 1800-tallet, mens Nykirken hadde stagnert. I 1885 ble Johannes prestegjeld utskilt fra Domkirken, mens noen sentrumskvartaler ble lagt til Korskirken. Fra 1957 går grensen mot Årstad fra Store Lungegårdsvann opp Årstadgeilen til Stemmeveien 9, og derfra i rett linje til toppen av Ulriken.
Etter vedtak i Bjørgvin bispedømmeråd ble menighetene ved Bergen Domkirke, Johanneskirken, Mariakirken og Nykirken fra 1. januar 2002 slått sammen til en felles menighet med navnet Bergen Domkirke Menighet, og med felles kirkekontor etablert på Bryggen 9. Den nye “fusjonerte” menigheten har 17 753 medlemmer (2009) blant en befolkning på 24 752. Ledende sokneprest ble tilsatt med prosjektlederoppgaver fra 1. juni 2001. De øvrige prestene i det nye prestegjeldet ble alle gitt tittelen sokneprest. To av sentrumskirkene ble samtidig omdisponert til andre funksjoner enn ordinære menighetskirker:
Korskirken disponeres av Kirkens Bymisjon som “åpen kirke”.
St. Jakob kirke var 2002–07 utleid til Normisjonen, som etablerte egen menighet der med sakramentforvaltning, etter avtale med biskopen.
Nykirken fungerer både som menighetskirke og som “Barnas katedral”. Kirkelige teaterforestillinger har samlet svært mange barn før de store høytidene.
Johanneskirken har vært utleid til Norsk Luthersk Misjonssamband for møter / gudstjenester på lørdager for eldre ungdom, og ved spesielle anledninger til byens katolske menighet når St. Paul kirke er for liten.
Se egne artikler om de enkelte kirkene.