Magistraten, magistratenkollegium av embetsmenn med ansvar for å styre byen, men underlagt kontroll av stiftamtmannen; opprettet 1666 etter innføringen av eneveldet. Magistraten bestod av en president, to borgermestere og seks rådmenn (fra 1685 fire, fra 1774 to). En borgerrepresentasjon av eligerte menn ble dannet 1679. I førstningen var mange av magistratens medlemmer dansker, i løpet av 1700-tallet ble særlig borgermestere og rådmenn rekruttert fra den lokale kjøpmannsstand. Det var fra 1774 et krav om at presidenten skulle ha juridisk embetseksamen. I 1825 ble magistraten redusert til president og to rådmenn, fra 1828 til borgermester og to rådmenn. Etter innføringen av formannskapslovene 1837 ble flere av magistratens funksjoner overført til folkevalgte organer, budsjettbehandlingen foregikk i et møte sammensatt av magistraten og formannskapet. Etter hvert kom bystyret til å fatte vedtakene, og fra 1860-årene var magistraten en utredende instans. Magistraten ble opphevet 1922, og fra og med 1923 ble funksjonene overført til fire borgermestere og en rådmann.