Statsbyggmester J. J. Reichborns tegning av Nykirken fra1768. Fra Hildebrandt Meyers manuskripter. Arkivet etter De eligerte menn, Bergen Byarkiv.

Nykirken, ved Nykirkeallmenningen, opprinnelig sognekirke for Nykirken menighet; tilhører siden 1. januar 2002 Bergen domkirke menighet, reist 1621 på ruinene av den nedbrente Erkebispegården. Den brant allerede 1623, men ble omgående gjenreist, brant igjen 1660 og ble gjenreist 1670. Etter bybrannen 1756, da bare rester av murene sto igjen, var det planer om å gjenreise kirken i marmor, men materialene ble bruddstein med kleberstein i hjørnene og rundt portalen (ark. Johan J. Reichborn). Den ble tatt i bruk 1763, og det nye tårnet hadde ennå ikke fått hjelm og spir da en brann ødela kirkebygningen igjen 1800. I 1802 var den på ny gjenreist, og tårnet ble utstyrt med hette 1825.

Eksplosjonskatastrofen 1944 var årsaken til en ny kirkebrann. Murene holdt, og under restaureringsarbeidet (ark. Fr. Konow Lund og Hans W. Rohde) fikk kirketårnet hjelmen og spiret som Reichborn i sin tid hadde forutsatt. Kirken tilsvarer i sin form gjenoppbyggingen fra 1763, med unntak av tverrarmen mot nordøst, som stammer fra 1670. Til tverrarmen ble føyd et trappehus, og under tverrarmen ble det bygd et kapell. Vestmuren i kapellet er identisk med en del av muren i Erkebispegården. Et valmtekket trappehus ble oppført ved tårnfoten. De gamle gravkapellene i sokkeletasjen ble innredet som foajé og kontorer. Interiøret er gjenskapt på grunnlag av en detaljert dokumentasjon av interiøret etter 1800-brannen. Kirkerommet er noe mindre og har 750 sitteplasser. De fleste av gjenstandene er kopier. Dåpsengelen hang opprinnelig i Domkirken, skåret i København av Fr. Chr. Willerup 1797. En del av sølvgjenstandene ble reddet unna kirkebrannene. Oblatesken er fra 1694, dåpsfatet fra 1794.

Nykirken omkring 1870. Kirken slik den fremsto etter gjenoppbyggingen i 1802. Hetten over tårnet var fra 1825. Fotograf: Knud Knudsen. Arkivet etter Bergen formannskap, Bergen Byarkiv.

Nykirkens første kjente orgel skriver seg fra 1675, men allerede før den tid må den ha hatt et orgel da Lorentz Vlicken ble ansatt som organst i 1667. Det nye orgelet ble skjenket dels av rådmann Iver Christensen, dels bekostet av kirken selv. Rådmannens “Portrait, til Hans Værdige Erindring” var anbrakt øverst på orgelet. Det var bygd i Bergen av Christian Hannemand, og hadde 21 stemmer. Orgelbyggeren Gloger reparerte instrumentet i 1749. Dette orgelet gikk tapt under eksplosjonskatastrofen i 1944 og ble etter krigen erstattet av nytt 39 stemmers orgel, utstyrt med både mekanisk og elektrisk traktur, og bygd av J. H. Jørgensen orgelfabrikk. Det nye orgelet ble innviet 1957, og er fortsatt i bruk. Den tyskfødte orgelvirtuosen, komponisten og musikkpedagogen Ferdinand W. F. Vogel virket som organist i Nykirken 1852–92. Se Musikklivet. Tor Grønn, også han en av landets fremste utøvere på instrumentet, har vært organist i Nykirken siden 1964.

I Nykirken ble Ludvig Holberg og Harald Sæverud døpt, Edvard Grieg konfirmert og Amalie Skram viet. Siden 2003 har Nykirken hatt spesielle tilbud til barn og fått tilnavnet “Barnas katedral”.

Se også oversikt over Bergens middelalderkirker.