Peterskirken, middelalderkirke, rektangulær, enskipet kirke bygd i kvadermur, lå like sør for de nåværende Schjøtstuene, 60–70 m sør for Mariakirken. Den ble regnet for å være byens eldste, i bruk omkring 1120, men kan ikke dateres sikkert før 1180. Den var flere ganger utsatt for brann, bl.a. 1248, 1413 og antagelig 1476, skjønt den siste gang er nevnt 1424, da den hadde tysk prest. Kirken kan ha vært i bruk til reformasjonen, men tomten lå øde 1563. Ruinene ble utgravd og identifisert 1920.

Se også oversikt over Bergens middelalderkirker.