Nonneseter, kloster i middelalderens Bergen, stiftet ca. 1150 av Cistercienserordenen som ordenens eneste nonnekloster i Norge. Klosteret var viet til Jomfru Maria og lå ved sundet mellom Store og Lille Lungegårdsvann. Eiendommen strakte seg over Marken og Hospitalsengen og det nærmeste området av Nygård. Rester av hagen eksisterte til 1890-årene. Av klosteranlegget gjenstår nå bare klosterkirkens tårnfot og et lite kapell. Tårnfoten, som ligger mellom Jernbanestasjonen og Bergen offentlige bibliotek, er et rom i romansk stil med kryssvelv. Det er vigslet som minnerom over falne i den annen verdenskrig (Minnehallen). Litt lenger sør (Kaigaten 3) ligger kapellet, også dette med krysshvelv, i gotisk stil. Det var i bruk som døvekirke 1951–89.

Lite er kjent om virksomheten i og ved klosteret, men det var rikt og mektig. I 1528 omfattet jordegodset nesten 300 gårder og gårdparter fra Sunnhordland til Nordfjord, med hovedtyngden i Sogn og Sunnhordland. Klosteret hadde lakserett i Oselven, og kom til å eie flere gårder på Bryggen, trolig Søstergården og senere Kappen og den ellers ukjente gården Aagothun. 1509 fikk klosteret også stadfestet eiendomsretten til halve Sydnes, det nåværende Nygård.

Man kjenner navnene på de abbedissene som ble valgt i 1320 og 1326, og ved det førstnevnte valget deltok 35 nonner. Klosterets inntekter ble 1455 overdratt til birgittinerne i Munkeliv kloster, da Nonneseter ikke hadde greid å hevde avkastningene fra eiendommene. I siste halvdel av 1400-tallet ble nonnene jaget fra klosteret på grunn av «løsaktighet og dårlig livsførsel», og klostergodset ble overdratt til Antoniusordenen, som bl.a. drev sykehus for spedalske og herbergevirksomhet. Også disse munkene ble beskyldt for uregelmessigheter, og 1528 ble Nonneseter sekularisert – den religiøse virksomheten ble avviklet og klosterets eiendommer overlatt til riksråd Vincens Lunge, som allerede året etter lot klostermurene bryte ned for å reise Lungegården.