Vågen Fergeselskap, startet i 1998 turisttrafikk mellom Zachariasbryggen og Tollbodkaien (Fisketorget og Akvariet) i sommermånedene med MF “Vågen”, en ferge av samme type som den eldre “Beffen” (Bergens Elektriske Færgeselskab A.S). Den har plass til 20 passasjerer. Selskapet eies av restaurantbaronene Steinar Knudsen og Per Jørgensen sammen med Fredrik Isdal og Terje Johan Skjelbred.

Om alt går etter planene skal MF “Vågen” i 2010 utstyres med et brenselcellesystem som går på hydrogen og dermed bli et mønsterbruk i CO₂-fri båtdrift, trolig enestående i verden. På noe lengre sikt vurderer eierne også anskaffelse av en større ferge med kapasitet for rundt 70 passasjerer. Tanken er da å legge til rette for å kombinere selve transporten med formidling av kunnskaper om havnen og dens historiske omgivelser.