Bergen utgjorde et eget fylke (amt før 1919) til 1972, da kommunen ble lagt inn under Hordaland fylke og fylkeskommune i henholdsvis statlig og fylkeskommunal sammenheng. Bergen er sete for fylkesmannen i Hordaland (Tårnplassen 2) og for administrasjon og politisk ledelse i Hordaland fylkeskommune (Lars Hilles gate 22).

Bergen lå fra opprettelsen av amtsinndelingen i Norge 1671 under Bergenhus stiftamt. 1763 ble dette delt i henholdsvis Søndre Bergenhus og Nordre Bergenhus amt, men stiftamtet ble opprettholdt med Bergen som fortsatt sete for stiftamtmannen. Frem til 1831 var embetet som stiftamtmann i Bergen forent med amtmannsembetet i Søndre Bergenhus. 1831 ble Bergen skilt ut som eget amt med stiftamtmannen som amtmann. Denne ordningen opphørte i 1907, da Bergen igjen fikk felles amtmann med Søndre Bergenhus (fra 1919 Hordaland fylke).

Se oversikt over stiftamtmenn, amtmenn og fylkesmenn.