I Bergen kommune finnes per 2009 åtte områder som er vernet ved kgl. res. etter naturvernloven. To er vernet som landskapsvernområde: Rambjøra landskapsvernområde ved Tveiterås og Fjøsanger landskapsvernområde. Fjøsanger har også en meget spesiell kvartærgeologisk forekomst som er vernet som naturminne. I tillegg har Bergen seks naturreservater: Kalandsvika (del av Kalandsvatnet) og Nesvika (del av Haukelandsvatnet) er våtmarksområder som er vernet på grunn av sitt spesielle fugleliv, Seløyskjera sør for Hjellestad er en god hekkelokalitet for terner, Reppadalen og Kråmyrane i Arna er myrreservater med spesielle botaniske forekomster, mens Hisdalen ut mot Krokeide er et viktig barskogsområde.

Bergen kommune har i tillegg flere andre forekomster av naturtyper som er viktige og verneverdige, selv om de ikke er underlagt vern etter naturvernloven. De siste årene er det gjort en omfattende kartleggingsjobb i forbindelse med slike forekomster. Tre av disse har nasjonal verneverdi (kategorien ‘svært viktig’), men hele 64 områder figurerer i kategorien ‘viktig’ (regional verdi). I tillegg kommer 29 områder av lokal verdi.

Nasjonal verneverdi har Skagetjernet, Seim, Glomregjelet.

Regional verneverdi har Salhusberget, Toppenipa, Hitland, Banntjønn, Birkelandsnipa, Hetlebakksåta, Blindheim, Selvik, Hjortlandsåsen, Brennhaugen, Sandviksfjellet, Storhaugen, Isdalen, Svarteberget, Kolstien, Eikelundstjern, Nesttunvatnet, Kloppedalstjern, Midtunlia, Marmorøya, Gullstølen, Kanadaskogen, Søviktjern, Vågsbø, Vågsbøpollen, Ålefaret, Kolavatnet, Mildevatnet, Espegrend, Skeievatnet, Storevika, Åletretjern, Stendavatnet Sør, Stendavatnet Nord, Krohnåsen, Råtjern, Apeltunvatnet, Iglatjørn, Smøråslia, Nedre Sandven, Birkelandsbotn, Birkelandsvatnet, Sandven, Kristianborg, Leirvågen-Straumen, Selvågen, Austrelia, Raudlia, Hisbotn, Øvre Brattland, Rødland, Danskevika, Slåttebekken, Krånipa, Glomregjelet II, Gullfjellfossen, Solheimsvannet, Kristianborgvannet, Lægdebotn, Brakedalen, Jordalsskaret, Orretuva samt små biotoper i Klaus Hanssens vei og Conrad Mohrs vei.

Viltforekomster. Det er også gjort en kartlegging av viltforekomster i kommunen. Dette har resultert i at 26 områder er blitt prioriterte, hvorav følgende 7 er karakterisert som svært viktige: Hjortlandsåsen, Skavdalen, Kanadaskogen, Vågsbømarka, Kalandsvika, Raudlifjellet/Austerlia og Lyshornområdet.

Et betydelig antall truede arter på den nasjonale rødlisten har også viktige leveområder innen kommunens grenser: Eksempelvis hekker smålommen på Byfjellene, og hvitryggspetten finnes i flere av skogene i kommunen. Bergen har en av Norges viktigste forekomster av den sjeldne ramsløkfluen. I tillegg finnes tre vassdrag i kommunen som har levedyktige bestander av den meget spesielle elvemuslingen.

Vernede områder i Bergen (per 2009)

Fredede trær