St. Jacobs kapell (også kalt St. Mikaels) var en enskipet, bordkledt tømmerbygning med korutbygg og forholdsvis stort våpenhus, som 1654 ble reist på den nye fattigkirkegården nord for Stadsporten (St. Jakobs kirkegård). Formuleringer i ulike håndskrifter av Bergens Fundas kan tyde på at det også i senmiddelalderen har ligget et Jakobskapell her. Kapellet ble utbedret 1750, men forfalt og ble 1787 kjøpt for nedrivning av Werner Hosewinckel Christie, som brukte deler av den til sin «papirkirke» på Wernersholm.

Bergens Fundas nevner også en annen Jakobskirke som skal ha eksistert «på Borneskjær» på 1500-tallet; kirkens nøyaktige beliggenhet er ikke kjent, men det må ha vært på Nordnes, mellom Tollboden og Nordnespynten.

Se også oversikt over Bergens middelalderkirker.